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È impossibile salvare completamente tutti i dati scritti sull'unità USB

Le nuove, sottili, unità disco flash possono essere un vero salvavita per coloro che portano sempre con sé molti dati. Alcuni utenti tuttavia le ritengono più una difficoltà che un vantaggio, anche perché presuppongono che salvare i dati su tali unità sia istantaneo, mentre non è così.

A volte l'utente non aspetta il tempo sufficiente a registrare tutti i dati sulla chiavetta prima di rimuoverla da computer. In altri casi, il sistema può richiedere un comando per la rimozione sicura. Sono queste in genere le due motivazioni principali del mancato funzionamento dell'unità.

Anche se i dispositivi di archiviazione USB sembrano unità convenzionali, sono molto più lenti dei tradizionali dischi rigidi o dei masterizzatori CD-ROM. Se si rimuovono troppo presto, nella migliore delle ipotesi si avrà un caricamento parziale dei dati, e nella peggiore, il dispositivo diventerà inutilizzabile.

La maggior parte delle chiavi USB dispone di un LED o di un altro indicatore che mostra quando il dispositivo è attivo. Se il LED lampeggia, c'è attività in corso tra l'unità e il computer; in questo caso, attendere fino a quando il LED smette di lampeggiare per estrarre la chiave dal sistema.

In Windows Me e Windows 2000, è necessario utilizzare il comando per la rimozione sicura della periferica prima di poter rimuovere un'unità USB. Altrimenti i dati che si trovano ancora nella cache di scrittura andranno persi. A tal fine fare doppio clic sull'icona Rimozione sicura dell'hardware nell'area di notifica, nella parte inferiore destra dello schermo. Viene visualizzato il messaggio per la disattivazione e rimozione dei componenti hardware. Selezionare dal menu l'unità USB  desiderata e fare clic su Disattiva. A questo punto si può rimuovere la chiave.

Con il sistema operativo Linux, occorre utilizzare la sequenza di comandi unmount.

Bisogna considerare la rimozione dell'unità USB al pari della rimozione di un disco rigido tradizionale. Disconnettendo qualsiasi disco durante un'attività di scrittura, i dati andranno persi. Se si rimuove l'unità mentre si scrive una directory, è possibile perdere ogni cosa sia presente sull'unità stessa. I dati non verranno eliminati, ma il computer non avrà modo di determinare la posizione di memoria in cui si trovano i dati. Il risultato non cambia: l'unità risulterà danneggiata.